« La Clinique », comme structure de formation de la dernière année au baccalauréat, a été fondée à la fin des années 1980 à l’UQAC. Pensée au départ par les professeurs Guy Ouellet et Jean-Robert Poulin, « la Clinique » a été créée pour que les étudiantes et étudiants puissent expérimenter l’intervention auprès d’élèves en difficulté. Malgré plusieurs modifications dans le programme, notamment le passage de trois à quatre ans pour la formation en enseignement en adaptation scolaire et sociale en 1997, ce dispositif de formation est resté en place et s’est bonifié au fil du temps.
Les cours de clinique permettent l’encadrement et l’intégration de la dimension professionnelle menant à l’obtention du brevet d’enseignement et, surtout, l’intégration de la théorie à la pratique en ce qui a trait aux compétences professionnelles relatives à l’intervention auprès d’élèves ayant un handicap ou des difficultés d’adaptation ou d’apprentissage (EHDAA). L’avènement des compétences professionnelles de l’enseignement (MELS, 2001) a fait en sorte qu’en 2002 le programme du baccalauréat en enseignement en adaptation scolaire et sociale a été modifié. C’est alors que la dimension orthopédagogique a été officiellement ajoutée à la formation en adaptation scolaire et sociale.
« La Clinique » a été instituée en mai 2010 comme étant une entité officielle au sein de l’UQAC et a été institutionnalisée sous le titre de Clinique universitaire d’orthopédagogie (CUO).